क्रायोजेनिक तरल पंपों के संरचनात्मक डिजाइन में निम्नलिखित मुद्दों पर ध्यान दिया जाना चाहिए:
(1) यह सुनिश्चित करने के लिए कि भाग कम तापमान पर समान रूप से सिकुड़ते हैं, उनकी संरचना सममित होनी चाहिए;
(2) पंप के इनलेट और आउटलेट पाइपलाइनों को ठंडे संकोचन मुआवजे से सुसज्जित किया जाना चाहिए, जैसे धातु धौंकनी मुआवजा, आदि;
(3) सामान्य तापमान क्षेत्र और निम्न तापमान क्षेत्र के बीच जोड़ने वाले हिस्से गर्मी चालन के नुकसान को कम करने के लिए कम तापीय चालकता वाली सामग्रियों से बने होने चाहिए;
(4) तरल के वाष्पीकरण के नुकसान को कम करने और स्टार्ट-अप समय को कम करने के लिए जितना संभव हो उतना कम तापमान क्षेत्र में काम करने वाले भागों की गर्मी क्षमता को कम करें;
(5) ऐसे पुर्जे जो कम तापमान वाले क्षेत्र में काम करते हैं और सापेक्ष गति करते हैं, उन्हें भी यथासंभव समान रैखिक विस्तार गुणांक वाली सामग्रियों से बनाया जाना चाहिए; ठंडे संकोचन के दौरान ठेला लगाने की घटना को रोकने के लिए, लिफाफा भागों का रैखिक विस्तार गुणांक लिफाफे वाले भागों के रैखिक विस्तार गुणांक से कम या बराबर होना चाहिए;
(6) कम तापमान पर काम करने वाले महत्वपूर्ण भागों के लिए, विशेष रूप से सख्त युग्मन आवश्यकताओं के साथ चलने वाले भागों (जैसे शाफ्ट सील की चलती अंगूठी और स्थिर अंगूठी, प्लंजर पंप के सवार और सिलेंडर लाइनर, आदि) को खत्म करने से पहले। इसका ठंडा इलाज होना चाहिए। शीत उपचार तापमान आम तौर पर काम कर रहे तापमान से कम या उसके बराबर होना चाहिए, और उपचार का समय 1 से 4 घंटे है;
(7) कम तापमान वाले तरल के वाष्पीकरण को रोकने के लिए, पंप बॉडी और इनलेट पाइपलाइन के गर्मी इन्सुलेशन पर विशेष ध्यान देना चाहिए। आम तौर पर, मोती या फोमिंग सामग्री का उपयोग किया जाता है, और वैक्यूम गर्मी इन्सुलेशन अक्सर तरल हाइड्रोजन पंप और तरल हीलियम पंप के लिए बहुत कम तापमान के साथ उपयोग किया जाता है;
(8) क्रायोजेनिक पंपों के डिजाइन में सीलिंग प्रमुख मुद्दों में से एक है। पंप की मुहर एक बंद प्रकार या शाफ्ट सील प्रकार को गोद लेती है। शाफ्ट सील तीन प्रकार की होती हैं: मैकेनिकल सील (सूखी और गीली दोनों), लेबिरिंथ सील और स्टफिंग बॉक्स सील। कम तापमान वाले पंपों के लिए, यांत्रिक मुहरों का अक्सर उपयोग किया जाता है।

